Origjina e variantit të ri dhe më të rrezishëm të Covd-19, mutacionit Omicron, vazhdon të mbetet mister. Edhe psefillimisht u raportua se ishte shfaqur në Afrikën e Jugut, Presidenti I BotsvanësMoguetsi Masisi ka thënë disa nga rastet e para që dolën fillimisht pozitivisht me Omicron në vend kishin ardhur nga Evropa. Ai ka bërë thirrje për heqjen e kufizimeve të udhëtimit të vendosura në vende të Afrikës së Jugut . Mutacioni Omicron, i cili është përshkruar si një variant shqetësues nga Organizata Botërore e Shëndetësisë, ka bërë që shumë qeveri të vendosin kufizime udhëtimi në vendet në Afrikën Jugore dhe të marrin masa të tjera për të kufizuar përhapjen e mutacionit. Ndërsa ende nuk është përcaktuar se ku u shfaq për herë të parë Omicron, Afrika e Jugut më 25 nëntor dhe Botsvana një ditë më vonë njoftuan se kishin identifikuar një variant të ri, mutacionet e të cilit ishin të ndryshme nga lloji dominues Delta.