Këshilli Ndërfetar i Shqipërisë reagoi lidhur me udhëzuesin e “Për trajtimin hormonal të personave transgjinorë”, të miratuar nga Ministria e Shëndetësisë. Përmes një deklarate, Këshilli Ndërfetar shpreh shqetësim për mënyrën e miratimit të udhëzuesit dhe kërkon më shumë transparencë institucionale, konsultim profesional dhe debat publik për një çështje që, sipas tij, ka ndikim të gjerë shoqëror, etik dhe mjekësor. Sipas deklaratës, çdo protokoll apo ndërhyrje mjekësore me pasoja të mundshme afatgjata fizike, psikologjike dhe sociale duhet të mbështetet në standarde të qarta shkencore, bazë të qëndrueshme juridike dhe procedura transparente vendimmarrjeje. Këshilli Ndërfetar i kërkon institucioneve përgjegjëse të bëjnë publike bazën shkencore dhe mjekësore mbi të cilën është hartuar udhëzuesi, arsyetimin që ka çuar në miratimin e tij me procedurë të përshpejtuar, si edhe bazën ligjore mbi të cilën mbështetet ky vendim. Një tjetër pikë për të cilën kërkohet sqarim lidhet me përfshirjen e të miturve në këtë udhëzim. Sipas Këshillit, institucionet duhet të shpjegojnë kriteret dhe arsyetimin mjekësor, etik dhe juridik që kanë çuar në këtë përcaktim.