Rexhep Qosja ishte një zë i fuqishëm i mendimit kritik dhe mbrojtës i palodhur i çështjes kombëtare, thekson historiani Pëllumb Xhufin që kujton si akademiku u angazhua për çlirimin e Kosovës që në kohën kur drejtonte Institutin e Albanologjisë në vitet 1972-1981, të cilin e shndërroi në vatër të lëvizjes.