Pandemia e Koronës i ka vënë shoqëritë e transportit ajror jo vetëm para vështirësish ekonomike tani në kohën e kufizimeve të lëvizjes, por edhe para sfidash për mënyrën e organizimit të fluturimeve pasi ato të lejohen përsëri. Deri tani nuk ka prova për ndonjë infeksion të marrë në avione. Kompanitë e prodhimit të avionëve tërheqin vëmendjen se avionët janë të pajisur me filtra tepër të fuqishëm, se ajri në avion është të paktën po aq i pastër sa në një sallë operacioni dhe se ajri qarkullon nga lart poshtë, gjë që e zvogëlon edhe më tej rrezikun. Megjithatë shumë linja ajrore si Lufthansa apo Eurowings aktualisht po mendojnë të bllokojnë sediljet e mesit. Edhe kompania easyJet thotë se të paktën për periudhën fillestare pas rifillimit të fluturimeve mes udhëtarëve do të ketë sedilje bosh. Kurse shefi i shoqërisë ajrore Ryanair tha se lënia bosh e sediljeve mes dy pasagjerëve nuk sjell asnjë dobi dhe se nëse Irlanda do të vendosë rregulla të tilla për shoqëritë ajrore, atëhere kompania e tij nuk do të fluturojë.