Ndonëse me mutacion të lartë, Omicron nuk erdhi nga një prej varianteve të tjera shqetësuese, si Alpha, Beta apo Delta, por nga coronavirusi që qarkullonte ndoshta 18 muaj më parë. Pra, ku ka qenë gjithë këtë kohë? Dhe pse po përapet kaq shumë tani? Studiuesit po eksplorojnë një numër hipotezash. Njëra është se Omicron erdhi nga një rajon i largët i Afrikës jugore, por nuk u përhap deri më tani. Një tjetër është se ai evoluoi te kafshët e infektuara, si minjtë, dhe më pas kaloi përsëri te njerëzit. Por një shpjegim i tretë po fiton terren ndërsa më shumë të dhëna dalin në dritë, se Omicron u shfaq në një person me një sistem imunitar të dobësuar i infektuar me HIV.