Shfrytëzimi i burimeve ujore në Shqipëri shfaq problematika të mëdha qoftë në financim po ashtu edhe në cilësi. Kontrolli i Lartë i Shtetit ka kryer një auditim për Agjencinë e Menaxhimit të Burimeve Ujore, ku pasqyrohet mungesa e planit të menaxhimit, mospërmbushja e cilësisë apo edhe detyrimet e prapambetura.