Shqipëria ka edhe një tjetër strukturë inteligjence, përveç asaj të Shërbimit Informativ Shtetëror. Bëhet fjalë për Agjencinë e Inteligjencës dhe Sigurisë së Mbrojtjes (AISM), që është një institucion, i cili organizohet dhe funksionon në mënyrë të centralizuar, si strukturë në nivel drejtorie të përgjithshme në Ministrinë e Mbrojtjes, me struktura varësie në territoret ku kryejnë veprimtarinë Forcat e Armatosura, brenda dhe jashtë vendit sipas zonave të përgjegjësisë dhe zonave të interesit. Deri më tani, kjo strukturë ka një arkivin e saj plot 42 ndërhyrje me karakter operacionale, që ndihmon në përmbushjen e misionit dhe për të cilat ka një raport të plotë edhe nga NATO dhe vetë Organizatave e Kombeve të Bashkuara. Agjencia vepron në fushën e Sigurisë së Mbrojtjes si pjesë aktive e Forcave të Armatosura, duke i mbështetur në misione në kuadër të NATO, BE dhe OKB. Agjencia e Inteligjencës dhe Sigurisë së Mbrojtjes ushtron kompetencat e saj mbi veprimtari që lidhen me kërcënime ose rreziqe që synojnë të cenojnë, ose cenojnë Forcat e Armatosura në realizimin e misionit të tyre kushtetues. Por, kjo agjenci është edhe pjesë e Bordeve të Inteligjencës së NATO, si dhe e Grupeve të Punës së Inteligjencës, Kundër inteligjencës dhe Sigurisë. Ajo bashkëpunon në fusha me interes reciprok, me institucione homologe dhe partnere të inteligjencës dhe sigurisë, të huaja dhe të vendit, si dhe me institucione brenda vendit, duke lidhur marrëveshje dy ose shumëpalëshe.