Vlora Hyseni u bë protagoniste në Shqipëri, pasi u shkarkua nga politika në Kosovë. Ajo udhëhoqi për një periudhë gjashtë muajore, nga dhjetori i vitit 2020 deri në qershor të 2021-it, Agjencinë e Kosovës për Inteligjencë, moment kur kryeministri Albin Kurti dhe presidentja Vjosa Osmani vendosën ta shkarkojnë nga detyra pa dhënë shumë detaje mbi motivet që i çuan drejt këtij vendimi. Më herët, Hyseni kishte shërbyer edhe si zëvendëdrejtoreshë e këtij institucioni.