Nuk është vetëm RENEA struktura që ndërmerr operacione speciale. Ajo është në varësinë e Ministrisë së Brendshme, por një tjetër strukturë varet nga Ushtria dhe ka emrin BOS, ndryshe Batalioni i Operacioneve Speciale. Por ndryshe nga RENEA, njësia speciale e Ushtrisë nuk vepron vetëm në territorin shqiptar, por edhe në rajon, sepse është konsideruar edhe nga NATO si njësia më elitare e Ushtrisë Shqiptare si dhe një nga njësitë më të mira të operacioneve special. Kjo njësi është e ngarkuar me operacione të posaçme në kohë lufte dhe para së gjithash me kundër-terrorizmin në kohë paqeje. Batalioni i Operacioneve Speciale është krijuar në vitin 1999 si një përgjigje e drejtpërdrejtë për situatën gjeopolitike në rajon. Menjëherë pas krijimit të tyre, ekipet e BOS u vendosën përgjatë kufirit shqiptaro-jugosllav gjatë Luftës së Kosovës në 1999 dhe më vonë përgjatë kufirit shqiptaro-maqedonas gjatë luftës në vitin 2001. Gjatë këtyre dy konflikteve, detyrat kryesore të BOS ishin zbuluese dhe me rreze të gjatë patrulluese. Në vitin 2002, operatorët e BOS u vendosën në Afganistan si pjesë e operacionit “Liria e Qëndrueshme”. Në Afganistan, kontingjentet e para operuan nën komandën turke dhe detyrat e tyre merreshin kryesisht me patrullimin e zonave përreth Kabulit. Në vitin 2004, Shqipëria ka dërguar një njësi prej Batalionit të Operacioneve Speciale në Mosul si pjesë e operacionit “Liria e Irakut”. Njësia së bashku me njësitë e tjera të Regjimentit Komando ishin përgjegjës për sigurinë bazë. Në korrik të vitit 2010, një detashment i 44 burrave (me emrin e koduar Eagle 1) nga BOS u pozicionuan në Kandahar, Afganistan. Ndryshe nga pjesa tjetër e kontigjenteve të mëparshme shqiptare, kjo njësi ka qenë drejtpërdrejt e përfshirë në operacionet luftarake. Besohet se njësia ka punuar ngushtë me SHBA-të rreth zbulimit ushtarak dhe ishte përgjegjës për zbulim të thellë prapa linjave të talebanëve, si dhe mbledhjen e inteligjencës mbi objektivat e Lartë me vlerë.