I veshur me rroba ushtarake, Ilham Aliyev ngriti personalisht flamurin e Azerbajxhanit në dy qytetet kryeqendra të rezistencës armene në enklavën e Nagorno-Karabakut. Dy qytetet ranë në kontrollin total të azerëve pas betejës së mbajtur në muajin shtator, që pasoi dorëzimin e trupave të armenëve etnikë dhe zhvendosi prej andej me mijëra armenë. Pas ngritjes së flamurit në Kankendi, Aliyev mbajti një fjalim të gjatë, ku mes të tjerave premtoi investime madhore në rajonin e prapambetur prej konfliktit që daton pas shembjes së Bashkimit Sovjetik. Rajoni i thellë malor në Kaukazin e Jugut njihet ndërkombëtarisht si pjesë e Azerbajxhanit, por në të banonin mbi 120 mijë armenë etnikë. Dy vendet kanë pasur pretendime për kontrollin e tij dhe në dy raste janë përfshirë në luftëra të drejtpërdrejta me njëra-tjetrën. Historikisht, Armenia ka pas në krah Rusinë në këtë konflikt, ndërsa Azerbajxhani Turqinë. Por, në konfliktin e shtatorit Rusia u tërhoq nga kjo mbështetje pas vendimit të Armenisë për të mbajtur një stërvitje të përbashkët ushtarake më SHBA.