Kisha e Shën Mërisë, pjesë e manastirit të Apolonisë, ka disa figura enigmatike që shtojnë edhe më shumë kureshtjen e turistëve vendas dhe të huaj. Afresku i paleologëve, mbishkrimi i sebastokratorit bizantin, relievi me shqiponje dhe figurat e kapiteleve të portikut që ruhen në këtë objekt, janë imazhe të rralla edhe per studiuesit e fushës pasi nuk dihen autorët e tyre. Në kapitelin e kishës është gdhendur në të katër anët e tij një portret enigmatik qe nuk dihet se cilën figurë përfaqëson. Sipas historianit ai mund të jetë perandori bizantin që ndërtoi kishën, ndonjë përfaqësues të pushtetit të tij vendor apo kalorës normanë, të cilët në shekujt XI-XII kryen fushata pushtuese përgjatë pjesës bregdetare të Shqipërisë. Enigmatike dhe të panjohura për turistë janë edhe figurat e kapiteleve të Portikut të kësaj kishe që përfaqësojnë elemente të stilit romanik në një kishë tipike bizantine.. Kisha e Shën Mërisë në Apoloni është një nga monumentet më të rëndësishme arkitektonike mesjetare në Shqipëri. Fan Noli e cilëson atë si një nga kryeveprat e artit bizantin.