Euroskeptikët dhe ekstremistët në Parlamentin Europian kanë vënë në dyshim misionet e Frontex për mbrojtjen e kufijve të jashtëm të Unionit dhe zgjerimin e këtyre misioneve me vendet e Ballkanit Perëndimor, përfshirë këtu Shqipërinë. Ata i kanë kërkuar komisionit sqarime mbi këto misione dhe mbi akuzat e ngritura ndaj Frontex dhe drejtuesve të agjencisë europiane të mbrojtjes së kufirit mbi shkelje të rënda të të drejtave të njeriut. Komisioni thotë në përgjigjen e kthyer se rojet kufitare të agjencisë jo vetëm në kufijtë me shtetet anëtare të BE-së, por edhe në vende të tjera është autorizuar prej vitesh përmes marrëveshjeve dypalëshe me Shqipërinë, Bosnjen, Malin e Zi dhe Serbinë.