Ilir Beqaj dha dorëheqjen nga detyra e drejtorit të Agjencisë Shtetërore të Programimit Strategjik dhe Koordinimit të Ndihmës, pas caktimit të masës së sigurisë ‘detyrim paraqitje’ dhe bllokim të pasaportës për dalje jashtë shtetit nga Gjykata e Posaçme, për shkak të hetimeve në kuadër të dosjes së konçesionit të sterilizimit.