Eliza Dushku lindi në Watertown, Massachusetts. Eliza eshte e bija e e Philip R. Dushku, një administrator dhe mësues në shkollat publike të Bostonit, nena e saj Judith "Judy", një pedagoge e shkencave politike. Babai i Dushkut është një shqiptaro-amerikan nga qyteti i Korçës, ndërsa e ëma është me prejardhje daneze dhe angleze. Ajo ka tre vëllezër. Eliza Dushku ka ndjekur shkollën Beaver Country Day dhe është diplomuar nga shkolla e mesme Watertown.