Në dekadën e saj të fundit, ajo kishte probleme shëndetësore, arsye që e bënë të terhiqej nga angazhimet e saj. Ajo i kaloi muajt e saj të fundit në Kalkutë. Më 5 shtator 1997, Nënë Tereza dha frymën e saj të fundit. Për nder të punës së saj, qeveria indiane i dha asaj një funeral shtetëror.