Ened Nakuçi e ka nisur karrierën nësistemin e drejtësisë në vitin 2000 si prokuror i Prokurorisë së Tiranës. Në vitin 2003, ai është emëruar Prokuror i Krimeve të Rënda, detyrë të cilën vazhdon ta ushtrojë prej 16 vitesh. Për Nakuçin në procesin e vettingut u tha se: Në një raport të përpiluar nga eprorët e Nakuçit, ky i fundit akuzohej se kishte “braktisur pa njoftuar dhe pa u lënë dosjet kolegëve” çështjen në ngarkim të Emiljano Shullazit dhe të akuzuarve të tjerë. E megjithatë ai kaloi me sukses.