Nuk u gjet kurrë nga spanjollët Kur pushtuesit spanjollë i dhanë fund perandorisë Inkase, ata shkatërruan shumicën e qyteteve të tyre. Për fat të mirë, ata duket se nuk e kanë zbuluar Machu Picchu. Në fakt, ka vetëm një përmendje të "Picchu" në dokumentet spanjolle të kohës, ku nënkuptohet se i përkisnin perandorit Inkase. Në të vërtetë nuk është e qartë se pse Inkasit e braktisën Machu Picchun, megjithëse supozohet se një epidemi e lisë ka vrarë shumicën e banorëve përpara ardhjes së spanjollëve. Kjo e lejoi vendin të mbetet i paprekur deri në vitin 1911, kur Profesor Hiram Bingham III, i Universitetit Yale zbuloi Machu Picchun, e mbuluar nga bimësia.